По стилю игра напоминает другие игры от BioWare, такие как Star Wars: Knights of the Old Republic (KOTOR) и Jade Empire. В отличие от KOTOR, игрок напрямую управляет действиями своего персонажа. Игрок может выбирать двух компаньонов для каждого задания, причём выбор можно изменить, лишь вернувшись на корабль (в KOTOR и Jade Empire, это можно было сделать почти в любой момент). В игре есть пять категорий оружия: пистолеты, штурмовые винтовки, дробовики, снайперские винтовки и гранаты. Оружие (кроме гранат) имеет бесконечный боезапас, но быстро перегревается, из-за чего его приходится использовать осторожно.
Так же, как и в вышеупомянутых играх, в Mass Effect есть некоторое подобие магии. Особые индивиды (биотики) имеют врожденную способность управлять локальными гравитационными полями, что выражается в наличии у некоторых персонажей разнообразных навыков телекинетического характера.
Во время боя игрок может войти в тактическое меню (игра при этом приостанавливается), в котором можно сменить оружие (себе или компаньонам) или указать какую из способностей использовать. Также можно выбрать цель для какой-либо способности (своей или компаньонов). Каждая способность имеет свою шкалу «зарядки», так что игрок может использовать несколько способностей подряд. Например, можно использовать способность «Поднять» и затем «Бросить» беспомощно барахтающегося в воздухе врага в противоположную стену.