Сатана, представившийся в произведении как Воланд, странствует по миру с целями, одному ему известными, время от времени останавливаясь в разных городах и селениях. Во время весеннего полнолуния путешествие приводит его в Москву 1930-х годов — место и время, где никто не верит ни в Сатану, ни в Бога, отрицают существование в истории Иисуса Христа. В Москве, правда, живёт один человек (Мастер), написавший роман о последних днях Иешуа и отправившем его на казнь римском прокураторе Понтии Пилате; но и этот человек ныне пребывает в сумасшедшем доме, куда его привело в том числе трепетное отношение к своему произведению, подвергнутому жёсткой критике со стороны цензоров и современников-литераторов. Роман он сжёг.

Во время путешествия Воланда сопровождает его свита: (Коровьев, кот Бегемот, Азазелло, Гелла). Всех людей, вошедших в контакт с Воландом и его спутниками, преследуют наказания за свойственные им грехи и грешки: взяточничество, пьянство, эгоизм, жадность, равнодушие, ложь, грубость, имитацию деятельности… Зачастую эти наказания, хоть и сверхъестественные по своей природе, являются логическим продолжением самих проступков (так, например, Никанор Иванович Босой, взявший у Коровьева взятку рублями, задержан за спекуляцию валютой, потому что эти рубли магическим образом превратились в доллары). Воланд вместе со всей своей свитой селится в «нехорошей квартире» на Садовой — в квартире, откуда уже в течение нескольких лет исчезают люди (исчезают, правда, без помощи сверхъестественных сил, так как описание этих таинственных исчезновений является намёком Булгакова на репрессии 30-х годов).

Маргарита, жена «известного инженера», любовница Мастера, потерявшая его след после того, как он попал в сумасшедший дом, мечтает только об одном — найти и вернуть его. Надежду на исполнение этой мечты даёт Маргарите Азазелло — для этого она должна исполнить для Воланда одну услугу. Маргарита не сразу, но соглашается, и знакомится с Воландом и всей его свитой. Воланд просит её стать королевой бала, который даёт он в эту ночь. В ночь с пятницы на субботу начинается бал у Сатаны. Гостями на бал не попадают простые грешники, — ими оказываются только истинные, идейные злодеи.

Сотрудники НКВД (этот комиссариат нигде не назван в романе своим именем) пытаются разобраться в деле об исчезновении всей верхушки театра «Варьете», и главное — в происхождении валюты, на которую мистическим образом поменялась вся собранная в кассе театра рублёвая наличность. Следы быстро выводят следователей к «нехорошей квартире», они её неоднократно обыскивают, но всё время застают пустой и опечатанной.

Другая сюжетная линия романа, развивающаяся параллельно первой, — непосредственно сам роман о Понтии Пилате, написанный Мастером. В нём рассказывается история Понтия Пилата, который не решился выступить против Синедриона и спасти осужденного на казнь Иешуа Га-Ноцри (так в романе зовут персонажа, основным прообразом которого явился Иисус Христос).

В конце романа обе линии пересекаются: Мастер освобождает героя своего романа, и Понтий Пилат, после смерти столько времени томившийся на каменной плите со своим преданным псом Бангой и хотевший всё это время закончить прерванный разговор с Иешуа, наконец обретает покой и отправляется в бесконечное путешествие по потоку лунного света вместе с Иешуа. Мастер с Маргаритой обретают в загробном мире данный им Воландом «покой» (отличающийся от упоминаемого в романе «света» — другого варианта загробной жизни).